台灣地區於民國95年(2006年)4月1/2日首度辦理梅西爾馬拉松的活動，因為是第一次辦理，大家都沒有經驗，且天候不佳，因此主辦單位於晚間10點宣布終止這一次的競賽。但仍有三名選手堅持奮戰到底，最後雖然在風雨中尋獲52個梅西爾天體，但未能列為正式紀錄。

民國96年(2007年)3月31至4月1日舉辦第二次的競賽，天氣依然不佳，但觀星親子會劉志安在不佳的天候下仍然一夜尋獲85個目標，達到獎勵的標準，獲頒台灣區的第一面獎牌。

民國97年(2008年)於3月8日15時至9日凌晨6點於墾丁國家公園的貓鼻頭停車場辦理第三次的競賽，計18人參賽。最後總結成績計有劉志安90個，徐福聲79個，獲頒獎牌，施世治51個，頒發獎狀。

民國98年(2009年)於3月21/22日繼續在墾丁辦理第四次的競賽，雖然參加人數減少，只有13人參賽，但成績大有進步，劉志安102個、徐福聲94個、施世治79個、陳慶鴻75個，獲頒獎牌；陳昭安69個、康乾忠62個、曾義鈞58個、江英瑞50個，均獲頒獎狀。

民國99年於3月13/14日辦理，26人報名，實際參加人員24人，成績為劉志安108個、施世治93個、陳慶鴻92個、陳昭安92個、康乾忠88個、王敏智70個，共六人頒發獎牌，王嘉輝67個、吳柏賢50個，共二人頒發獎狀。

民國100年(2011年)的新月落在4月3日22.5時，所以4月1/2日是適合舉辦競賽的時間。但因歷屆活動的場地辦理大型且具聲光效果的「春天的吶喊」音樂活動，因此場地更改至社頂自然國家公園，而在超跑等聲光的干擾下與天候不佳的影響下、劉治安仍有觀測到96個梅西爾天體的佳績，獲得他的第五面獎牌，吳亞霖53個獲得獎狀。

民國101年(2012年)，今年度最接近春分的朔日為3月22日，所以選擇3月24-25日(星期六-日)為梅西爾馬拉松的舉辦日期。此次未與春天音樂季撞期，所以場地回復至墾丁貓鼻頭停車場。本次共有26人報名，實際報到參加的為20人報名。但受到天候影響雖然沒有下雨，但是雲層始終未能消散。只有偶爾開個雲洞，短暫的露出一些星光，根本無法進行搜尋的工作。由於今年由親子觀星會揪團租車往返，所以選手能有充分的休息，得以在返回台北後繼續前往二子坪與大五崙山兩地繼續賽事。劉志安也在延長賽中創下個人最佳－109個梅西爾天體－成績。

民國102年(2013年) 於3月9-10日(星期六-日)於墾丁貓鼻頭停車場辦理，共有26人報名，實際報到的有20位。因為天氣良好，所以大家的成績都有長足的進步。但是日出前的一片低雲剛好遮住了最後一個目標，摩羯座的M30，使得劉志安與黃冠夫兩人飲恨未能完成此次的賽事。經評定成績計13人獲頒發獎牌一面，3人頒發獎狀一張。

民國104年(2015年)3月21日，今年由陶常務理事及劉總幹事帶領數位天文同好到雲南高美古天文台技術指導第一次梅西爾馬拉松活動。在天時、地利、人和等條件皆完備情況下，劉總幹事成為中國大陸首位成功搜尋完成110個梅西爾星體的選手，是為連續兩年於臺灣、中國大陸成功搜完110顆梅西爾星體者。臺灣墾丁貓鼻頭梅西爾馬拉松由張理事長負責，今年共18人報名，實到14人，列入成績者12人，並有各地天文同好現場觀摩，總計約50餘人參加，本次比賽成績達70分以上者共4人可獲贈獎牌一面，成績50分以上70分以下者共3人獲贈獎狀一張，其餘參加者獲贈參加證明一張。

民國105年(2016年)3月12-13日(星期六-日)於墾丁貓鼻頭停車場辦理，共有21人報名，實際報到的有9位參賽，1人觀摩。因為天氣不佳，大家的成績也不理想，只有黃冠夫一人搜尋到56個梅西爾星體獲得獎狀一張。4月2/3日續辦第二場，施世治尋獲95個，江英瑞78個，各可獲得獎章一枚。

民國106年(2017年)3月25-26日(星期六-日)於墾丁貓鼻頭停車場辦理，共有20人報名，實際報到的有17人，參賽者15人，2人觀摩。因為天氣不佳，成績不理想，劉志安紀錄為73個，再度獲得獎章一枚。

由於墾丁地區的光害日益嚴重，在林務局嘉義林區管理處與嘉義市天文協會的合作與協助下，競賽場地得以移至阿里山森林遊樂區的小笠原八角亭觀景平台辦理。這是首度在山區辦理，考量參與人員的安全與園區的特性，這次的活動日期延長為三天兩夜，於民國107年(2018年)3月16-18日(星期五-日)辦理。時間的延長使許多人因需要請假而不克參加，所以僅有12人報名，實際與賽的為9人。本次由於小笠原的視野遼闊，又無光害，所以參加的人數雖少，成績卻極為突出。計有劉志安(109)、黃冠夫(109)、陳晃銘(108)、徐福聲(105)、錢昕(105)等五人可獲頒獎章一枚，洪景川(56)、許麗香(56)可獲得獎狀一紙。